Gel rafskaut getur farið fram í annað hvort láréttri eða lóðréttri stefnu.Lóðrétt gel eru almennt samsett úr akrýlamíð fylki.Svitaholastærð þessara gela fer eftir styrk efnaþátta: agarósa hlauphola (100 til 500 nm í þvermál) eru stærri og minna einsleitar samanborið við akrýlamíð hlauphola (10 til 200 nm í þvermál).Til samanburðar eru DNA og RNA sameindir stærri en línuleg próteinstrengur, sem oft er eðlissvipt fyrir eða meðan á þessu ferli stendur, sem gerir það auðveldara að greina þær.Þannig eru prótein keyrð á akrýlamíðhlaupum (lóðrétt).Það hefur það hlutverk að steypa gel í upprunalegri stöðu með sérhönnuðu gelsteypubúnaði okkar.