Gel rafskaut getur farið fram í annað hvort láréttri eða lóðréttri stefnu. Lóðrétt gel eru almennt samsett úr akrýlamíð fylki. Svitaholastærð þessara gela fer eftir styrk efnaþátta: agarósa hlauphola (100 til 500 nm í þvermál) eru stærri og minna einsleitar samanborið við akrýlamíð hlauphola (10 til 200 nm í þvermál). Til samanburðar eru DNA og RNA sameindir stærri en línuleg próteinstrengur, sem oft er eðlissvipt fyrir eða meðan á þessu ferli stendur, sem gerir það auðveldara að greina þær. Þannig eru prótein keyrð á akrýlamíðhlaupum (lóðrétt). Það hefur það hlutverk að steypa gel í upprunalegri stöðu með sérhönnuðu gelsteypubúnaði okkar.
